Сообщение о множественных непредвиденных мутациях, выявленных после применения методики геномного редактирования CRISPR, отразилось на рынке ценных бумаг биотехнологических компаний, а само исследование раскритиковано за отсутствие корректных контрольных образцов. Подробности — в The Scientist.
В начале июня широко распространилось сообщение об исследовании, в котором было показано, что применение набирающей популярность методики геномного редактирования сопряжено с бόльшим, чем предполагалось, количеством непредвиденных мутаций. В ответ на это инвесторы начали продавать свои доли в биотехнологических компаниях, которые строят бизнес на методе CRISPR, а сами акции в некоторых случаях упали в цене на 15%. Сообщая об этом, издание The Scientist задается вопросом: оправдана ли эта паника? Ученые и компании, разрабатывающие подходы к практическому использованию редактора генома, считают, что не оправдана, указывая на уязвимость представленных данных. Анализ непредвиденных эффектов метода CRISPR был опубликован в журнале Nature Methods, в его основе — прошлогодняя работа Стивена Цана (Stephen Tsang) с коллегами из Медицинского центра Колумбийского университета (Columbia University Medical Center), которые успешно применили систему CRISPR-cas9 для коррекции в мышиных эмбрионах генетической мутации, вызывающей слепоту. Ученые всегда допускали мысль о несовершенстве методов геномного редактирования, и для проверки последствий применения системы CRISPR был создан специальный компьютерный алгоритм, который выявлял в геноме участки, теоретически подверженные случайному воздействию фермента Cas9, связанному с редакторской системой. Обычно частота непредвиденных мутаций при таком анализе оказывалась довольно низкой.
Цан с коллегами сопоставили геномы вылеченных от слепоты мышей с общедоступными мышиными геномами и обнаружили десятикратное превышение количества непредвиденных мутаций по сравнению с ожидаемым, причем ни одна из этих мутаций не попала в предсказания алгоритма. Они объясняют это тем, что предсказательный алгоритм, нацеленный на участки генома, кодирующие белки, может упускать мутации, которые затрагивают регуляторные участки, и, как изменения в этих местах скажутся на жизни всего организма, в настоящее время предсказать невозможно, хотя мыши выглядят вполне здоровыми. Проблема нашумевшего исследования, по мнению критиков, в том, что авторы сравнивали геномы всего лишь двух прошедших геномное редактирование грызунов не с геномами родственных мышей, которые не подвергались этой процедуре, а с последовательностями из базы данных, полученными в других лабораториях. Это некорректный контроль.
Нет комментариев