Получен полный геном ладанной сосны — самый большой из прочитанных до сих пор, он в семь раз превышает по длине геном человека. Об этом сообщает GenomeWeb Daily News.
Массивный геном хвойного дерева, который содержит 23,2 миллиарда пар оснований (в человеческом геноме три с небольшим миллиарда), собран усилиями ученых из Калифорнийского университета в Дэвисе (University of California, Davis), Университета Мэриленда (University of Maryland) и Университета Джонса Хопкинса (Johns Hopkins University) и опубликован он-лайн в издании Genome Biology. Это черновой вариант генома ладанной сосны (Pinus taeda), все промежуточные результаты, получаемые в ходе работы, также становились всеобщим достоянием. С июня 2012 года в сети появилось три выпуска данных о секвенировании ДНК этого хвойного дерева, которыми мог воспользоваться любой исследователь.
Как показал анализ нового генома, более 80 процентов его составляют повторы последовательностей ДНК, причем большая часть из них — это транспозоны, или “прыгающие гены”, которые относятся к мобильным генетическим элементам. В первом приближении в геноме сосны выявлены некоторые из генов, имеющих отношение к образованию древесины, способности противостоять абиотическим стрессам, таким как засуха, и заболеваниям. В частности, выявлен генетический вариант, обусловливающий устойчивость к ржавчинному грибу (Cronartium quercuum), что может быть использовано в будущем при выведении сортов, защищенных от заболевания, которое наносит ощутимый ущерб лесной промышленности в разных странах, отмечает портал GenomeWeb Daily News. Ладанная сосна имеет коммерческую значимость и как источник сырья для производства бумаги, и как сырье для создания биотоплива.
Получение соснового генома беспрецедентной величины стало возможным благодаря переходу на новую технологию секвенирования, позволяющую “прочитать” единовременно несколько участков генома, и в этом ее отличие от прежних методов, которые “читали” ДНК буква за буквой. Новый метод ускоряет процесс стократно. Из коротких прочитанных последовательностей в повторяющихся циклах собирается полный геном, и он довольно точен.
Последовательность ДНК ладанной сосны будет служить так называемой референсной последовательностью, своего рода эталоном, на который будут накладываться данные по геномам других видов сосновых. У них тоже очень большие геномы.
Нет комментариев