Поиск - новости науки и техники

Геном метро

Метагеномные исследования в нью-йоркском метро выявили неизвестных микробов, а на одной из станций до сих пор живут бактерии, принесенные ураганом Сэнди два года назад. С подробностями – Genome Web; Scientific American.
Группа исследователей под руководством биоинформатика Кристофера Мейсона (Christopher Mason) из Медицинского колледжа Вейла Корнелла (Weill Cornell Medical College) опубликовала в журнале Cell Systems статью, в которой представлена своего рода “метагеномная карта” Нью-Йорка. По фрагментам ДНК, выделенным из микробных образцов, собранных с поверхностей сидений, турникетов и поручней в метрополитене Нью-Йорка, авторам удалось установить присутствие около 1700 видов бактерий, вирусов и одноклеточных эукариот, половина которых относится к до сих пор неизвестным организмам. Как сообщает Genome Web Daily News, идентифицированные образцы ДНК в основном принадлежат бактериям. И хотя среди штаммов обнаружились возбудители сибирской язвы и бубонной чумы, большая часть выявленных штаммов безвредна. По словам Кристофера Мейсона, которые приводятся в статье на сайте Scientific American, “обрывки опасной ДНК присутствуют в следовых количествах, следовательно, они могут быть фрагментами других бактерий, захваченными при горизонтальном переносе генов (который может происходить в общей среде обитания) или оставшимися от погибших микроорганизмов”. Подавляющее большинство идентифицированных бактерий живут на коже человека и не представляют угрозы, отмечает автор.
В то же время одна из станций нью-йоркской подземки, а именно Саут-Ферри на южной оконечности Манхеттена, по локальному метагеному существенно отличалась от прочих уникальным бактериальным профилем, который скорее подошел бы морской экосистеме. Когда в 2012 году на Нью-Йорк обрушился ураган Сэнди, станцию затопило 57 миллионами литров воды, уровень которой поднялся до 25 метров. Сейчас ученые выделили 10 бактериальных видов, которые в рамках метагеномного исследования нью-йоркской подземки отмечены только на Саут-Ферри. Среди них, например, Shewanella frigidimarina – обитательница Северного моря, а также Flavobacterium, род, который поражает некоторые виды рыб. Эти бактерии обычно живут в холодных морях, и исследователи задались вопросом, не были ли они занесены на Манхеттен циклоном Сэнди.
Кроме метрополитена источником образцов для метаанализа был также трехкилометровый нью-йоркский канал Гованус. На метагеномной карте он представлен 12 местами. Виды его микробных обитателей частично пересекаются с видами Саут-Ферри, но 10 видов этой станции метрополитена остаются присущими только ей, что служит подтверждением циклонного происхождения этих бактерий. Как возможное смешивание водных и сухопутных микробных сообществ скажется на каждом из них и на людях, еще предстоит выяснить.

Нет комментариев