В США стартовал проект по расшифровке 100 тысяч геномов пищевых и передающихся через воду патогенов. Об этом сообщает GenomeWeb Daily News.
Управление по продуктам и лекарствам (FDA) США в сотрудничестве с Калифорнийским университетом в Дэвисе и компанией Agilent Technologies запустило проект “100 тысяч геномов” (100K Genomes), сообщает MEDПортал со ссылкой на GenomeWeb Daily News. При реализации этого проекта спустя пять лет в открытой базе данных должны появиться сведения о полных геномах таких бактерий, как сальмонелла, листерия, кишечная палочка, а также наиболее распространенных вирусов. В числе исполнителей проекта также Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) и Министерство сельского хозяйства (USDA). Геномы целевых микроорганизмов должны быть прочитаны с использованием новейшей Технологии секвенирования следующего поколения (Next-Generation Sequencing), которая отличается высокой пропускной способностью и точностью. Большая часть собранных бактериальных геномов будет представлена в виде черновых вариантов, которые будут сопоставляться с избранными полногеномными референсными последовательностями. Целью такого анализа является выделение генетических маркеров, связанных с определенными важными патогенными признаками.
Полученные в рамках проекта данные будут переданы в открытую БД Национального центра биотехнологической информации при Национальных институтах здоровья в Бетесде. Наряду с получением 100 тысяч геномов бактерий и вирусов предполагается разработка “дорожной карты”, которая позволит создать тесты для идентификации патогенов и устанавливать их происхождение быстрее, чем это делается сейчас. Используя такую базу данных, ученые смогут создать новые методы контроля распространения болезнетворных бактерий в пищевой цепи. Руководство проектом возложено на Барта Веймера (Bart Weimer), профессора факультета ветеринарии Калифорнийского университета в Дэвисе.
По словам Веймера, “становится все яснее и яснее тот факт, что живучесть микробных патогенов и их способность проникать в пищевую цепь обусловлены генетической пластичностью, которая позволяет им приспосабливаться к любому окружению”. “Отсутствие информации о геномах бактерий, имеющих отношение к продуктам питания, лишает ученых возможности обеспечить людей безопасным питанием”, — добавляет он. Барт Веймер считает, что данные проекта “100 тысяч геномов” сделают диагностические тесты “быстрыми, точными и экономичными”. Предусмотренное проектом секвенирование будет проводиться в Калифорнийском университете, который в прошлом году заключил соглашение о совместном выполнении крупных работ по расшифровке ДНК и функциональной геномике с Пекинским институтом геномики (BGI). FDA предоставит более 500 полногеномных “черновых” последовательностей ДНК сальмонеллы, а также тысячи штаммов пищевых патогенов и биоинформатическую поддержку. CDC будет проводить экспертизу патогенов, передающихся с пищей и водой, чьи геномы предстоит расшифровать.
Нет комментариев